两者区别在于组成的基因型的基因不同。纯合子是指控制性状的成对基因是相同的，比如AA、aa。而杂合子是指控制性状的基因是不同的，比如Aa、AABb。
1、纯合子，杂合子概念：纯合子是由同一基因配子的受精卵发育的个体。 杂合子是从结合了不同基因配子的受精卵发育而来的个体。
2.特征和判断：
（1）纯合子只产生一种配子，杂合子可以产生各种配子。
（2）纯合子可以稳定遗传，自交后代没有特征分离 杂合子不能被稳定遗传，并且性状在自交后代中被分开。
（3）当纯合子不含等位基因时，杂合子含有等位基因
二倍体中同源染色体上相同位点等位基因相同的基因型个体，杂合子是指二倍体中同源染色体同一位点上的两个等位基因不相同的基因型个体。
纯合子不会由于自交而分离出具有不同遗传因子的个体，因此，育种材料总是纯合的，保持其性状不变。杂合子自交可以得到纯合子。
