巢虫最怕的三种植物是巢虫清木片、香樟树根部的木料制作小块的木条和几粒八角。
巢虫也有很多的天敌，例如球孢白僵菌、苏云金芽孢杆菌、核型多角体病毒等微生物，蜡螟绒茧蜂、麦蛾绒茧蜂、蜡螟大腿小蜂、红火蚁、大头蚁等昆虫都是巢虫的天敌。
球孢白僵菌 球孢白僵菌是一种专门针对昆虫的杀虫类真菌，它能够感染的昆虫种类非常多，包括了700多种，它体内就会产生大量的白僵素，从而打乱虫体的新陈代谢，导致其中毒死亡，所以说白僵菌是巢虫的天敌也不为过。
线虫 线虫是一种寄生动物，基本上都是依靠着节肢动物来生存，它们都在海水环境或者土壤环境中出现，将卵产在昆虫的体内，等到幼体不断的在昆虫体内长大之后，就会突破昆虫的肚皮，最终再次回到水中长成成体，而这种线虫不仅是巢虫的天敌
寄生蜂 寄生蜂可以说是大部分昆虫的天敌。
