3窝。繁殖期3-7月，营巢于河谷与溪流岸边，巢多置于岸边悬岩洞隙、岩石或土坎下凹陷处，也在岸边岩石终逢隙和树洞中营巢，巢呈杯状或碗状，通常隐蔽很好，不易被发现。
巢的大小为外径10-13cm，内径5.7-7.0cm，高6.5-7cm，深3-4.5cm。主要由雌鸟营巢，雄鸟仅偶参与营巢活动。
每窝产卵3-6枚，多为4-5枚，卵呈卵圆形或长卵圆形，白色或黄白色，也有呈淡绿色或蓝绿色的，被有褐色或淡赭色斑点，卵的大小为17-20mm×13.5-15.5mm。雌鸟孵卵，雏鸟晚成性，雌雄亲鸟共同育雏。
石燕一年孵一窝幼鸟。
石燕：形状和燕子相似，表面青灰色或土棕色，轮廓有方形、圆形、梯形、三角形及卵形，贝体大小不等。石燕由两个不等的外壳叠合在一起而成，比较大的位于上方，为腹壳，比较小的位于下方，为背壳两壳的后缘比较平整，有一个近似宽等腰三角形或宽缝状的铰合面，正中可以看到三角形洞孔或双板前缘比较圆，直伸或稍稍下弯，腹壳的顶区隆凸，正中有一个凹槽，背壳正中常凸隆，两侧的壳面急剧倾斜呈翅状，壳面有圆心性层纹（壳层）和放射状线纹（壳线）。石燕质地坚硬，如同石头一样，砸碎后断面为青灰色或红棕色，鼻闻无臭，口尝味淡。
石燕鸟在每年的3月份开始筑窝，每年10月中旬至11月末按地域温度陆续迁徙。燕鸟在农家屋檐下营巢，巢是把衔来的泥和草茎用唾液粘结而成，内铺以细软杂草、羽毛、破布等，还有一些青蒿叶，巢为皿状。
每年繁殖2窝，大多在5月至6月初和6月中旬至7月初。每窝产卵4～6枚。第二窝少些，为2～5枚。卵乳白色。雌雄共同孵卵。
