1、股份区别：农商银行属地区银行，大股东一般为地区国资办，地区不一样，大股东不一样，并不是统一的大股东。农业银行是全国性银行，大股东为国家国有资本的汇金公司，全国各地营业网点均为支系机构
2、法人区别：农商银行是地区银行，地区不一样，法人不同，全国各地的农商银行均为单独法人而农业银行是一级法人，法人只有一个，支系机构均为责任人
3、经营规模区别：农商银行是地区银行，经营规模小，农业银行是全国性银行，经营规模大，农商银行资产经营规模远不如农业银行，农业银行是国家银行，实力雄厚，资产整体实力强。
首先要肯定农商行是农村商业银行，基本都是由原来的农村信用联社改制而来。
农科行目前国内只有合肥科技农村商业银行，也是在原合肥市区农村信用联社基础上改制而成。
从以上可以看出，两者并没有什么太大区别。
农商行与农科行区别如下：
农商银行（即：农村信用社）。是经人民银行批准并工商注册的合伙入股性质的商业银行。主要是支持并经营农村经济发展的金融组织机构。
农科行是银监会批准并工商注册某地域的一家地方性商业银行。主要经营地方信贷业务金融组织机构。
