一、科目分类不同
1、马口鱼
马口鱼俗称马口，隶属鲤形目、鲤科、马口鱼属。
2、红眼鱼
红眼鱼，学名赤眼鳟，又名赤睛鱼，隶属鲤形目、鲤科、赤眼鳟属。
二、外形特征不同
1、马口鱼
体延长，侧扁，银灰带红色，具蓝色横纹，头后隆起，尾柄较细，腹部圆，头大且圆，吻短，稍宽，端部略尖。口裂宽大，端位，向下倾斜。口大，上下颌边缘凹凸。上颔两侧边缘各有1个缺口，正好为下颔的突出物所嵌，形似马口，故名“马口鱼”。
2、红眼鱼
体长筒形，后部较扁，头锥形，吻钝。须两对细小，体银白，背部灰黑，体侧各鳞片基部有一黑斑，形成纵列条纹。鳞大，侧线平直后延至尾柄中央。尾鳍深叉形、深灰具黑色边缘。眼上缘有一红斑故名赤眼、红眼鱼。
三、生活习性不同
1、马口鱼
马口鱼属于溪流性小型鱼类，在自然环境中多生活在水温较低的山涧溪流中，有水流和水草的水体中上层，对水质要求较高。马口鱼游动敏捷、善跳跃，非常贪食，为偏肉食的杂食性鱼类，以水体中的小鱼和水生昆虫等为食，在食物不足时也可摄食草籽、树籽、水藻及商品饲料等。
2、红眼鱼
赤眼鳟为广温性经济鱼类，广泛分布于我国不同纬度的淡水水域。在不同的水域生长速度不同：长江水系种群的体长生长速度最快，较黑龙江水系种群快2~3倍，达到相同体长要比珠江水系种群快约一年。赤眼鳟的体长生长速度在低龄阶段较快，随年龄增加，体长生长速度逐渐变慢，体长生长加速度呈减速上升趋势。杂食性鱼类，藻类、有机碎屑、水草等均可摄食，喜食人工配合饲料。
