没什么区别，其他三联为备用联，分别作为企业出门证、检查和仓库留存用。 六联使用于大型企业，后三联备用连也可以根据企业的实际需要情况来定。
一般都是三联的，记账联，发票联和抵扣联.
有些单位有特殊要求的，或者税务机关代开的要留底之类的，才用六联的.第一联为发票联，购货方记帐第二联为抵扣联，购货方作抵扣税款凭证第三联为记帐联，售纲方记帐用.从纳税人实际需要出发，国家税务总局还印有六联版专用发票，其中1-3联仍为基本联次，4-6联根据纳税人实际需要使用，全国不作统一规定，也就是说后三联可用做提货联存根联等等.可以使用六联的发票的.其他联次用途，由一般纳税人自行确定.
因此 增值税专用发票四联版和六联版仅是为满足销售方多种需要.
