初次办理
初次申请门诊特殊疾病，须提供二级甲等及其以上定点医疗机构或专科医院（限本专科）的检查报告和6个月内疾病诊断证明。需办门特的人员自己选定一家方便的定点医疗机构，根据《初次申办门诊特殊疾病办理须知》，到医疗机构指定窗口办理特殊门诊申请，提供身份证、医保卡和相关疾病的病情证明和检查报告。
再次办理
定点医疗机构在受理参保人员的门诊特殊疾病申请后，根据病情提出治疗方案，确定所需药品名称（与药品目录一致）、用法和用量、诊疗项目（含物价编码及检查、治疗次数等）。 按要求填写《门诊特殊疾病申请表》并加盖医疗机构医保部门公章后，经医疗保险经办机构核准同意并确定审核期起止时间后生效。
门诊特殊疾病每3个月办理一次审核，符合第一类病种的精神病类门诊特殊疾病每6个月办理一次审核。
