水坝对洄游鱼类的影响不可一概而论。依具体情况，从影响不大到直接导致某种或某类洄游鱼类灭绝都是有可能的。
水坝对洄游鱼类最直接的影响体现在阻断其洄游通道上，一些逆流而上的鱼类甚至会撞坝而亡。
其次，水轮机和水坝下泄的高气体饱和度的水也会伤害成鱼和鱼苗。间接地，水坝对水温，流速等水文条件的影响也会导致洄游鱼类繁殖的停滞
随着许多大江大河上修建起座座大坝，原本在江河中自由游动的鱼儿被困在一段段水库中，一些珍稀鱼种逐渐消失，特别是“四大家鱼”等需要洄游才能繁殖产卵的鱼类，因为“鱼道”受阻面临生存繁衍危机。
