目前尚没有治疗小瓜虫病的特效药，所以此病的防治关键点为彻底清塘、加强饲养管理、保持良好环境及增强鱼类免疫抗病力。
预防措施
1、彻底清塘。放养鱼种前用生石灰对养殖池塘彻底清塘。
2、提高养殖水体水温。小瓜虫繁殖适宜水温为15～25℃，通过提高水温可阻断多子小瓜虫生活史中某一环节，使其不能完成生活史而达到治疗的目的。池塘养殖条件下在秋末、冬初及初春时期可通过适当降低水位以提高水温的办法实施预防。
3、在小瓜虫病流行季节对有棘鱼类（如黄颡鱼等）苗种实施转塘、并塘等越冬准备时，拉网操作应避开阴雨低温天气，应在晴天水温相对较高时进行捕捞运输操作，且谨慎操作以避免对有棘鱼类产生损伤。
4、提高养殖鱼类免疫抗病力。鱼类生理状况与小瓜虫病的发生有直接关系，鱼类机体免疫力低下更容易受到小瓜虫掠食体的侵袭。因此，在小瓜虫病流行季节，应加强养殖鱼类营养，同时每隔15-20天口服“三黄散+保肝宁+水产专用维C”3-5天以提高鱼类的免疫抗病力。
5、培肥水质。小瓜虫病的发生与池塘水质的关系密切，一般在水质清瘦的池塘中小瓜虫病易多发，因此在小瓜虫流行季节应适当使用“肥水旺”+“活水素”等培肥水质。
6、适当控制养殖鱼类的放养密度，以降低小瓜虫感染机率。
建议防治方法
1、幼虫孵化时间通常在夜间即午夜至凌晨，故用药最好在凌晨前进行，以便杀灭抵抗力相对较弱的幼虫。2、建议防治措施：连续2-3天全池泼洒“辣椒+生姜”，每天1次第3或第4天全池泼洒“车轮净”1次。
小瓜虫天性不耐高温，可以将水温提高到30℃左右来治疗小瓜虫病或把干辣椒用水煮开（也可用辣椒面），按照每立方米水放250克干辣椒的比例泼洒在鱼池或用生姜加水熬制成生姜水，之后每立方米水加入4毫升生姜水或在水中放入一定比例的红药水。
一、小瓜虫最佳治疗方法
1、小瓜虫天性不耐高温，可以提高水温来治疗小瓜虫病，把水温提高到30℃左右，促使小瓜虫在鱼的表皮脱落，还可以配备药物同时进行。
2、或把干辣椒用水煮开（或者用辣椒面），按照每立方米水放250克干辣椒的比例，然后在鱼池泼洒均匀，每天泼洒1次，连续3天，可以杀死小瓜虫。
3、还可以用生姜加水熬制成生姜水，按照每立方米水加入4毫升生姜水，每天用1次，连续使用3天，如果没有好转间隔5天再使用。
4、将一定比例的亚甲基蓝药水泼洒到鱼缸中，连续泼洒3次，间隔3天再泼洒1次就可以消灭小瓜虫。
5、可以在水中放入一定比例的红药水，使鱼缸颜色微红就可以了，浸泡时间为5分钟左右，每天1-2次也可以消灭小瓜虫。
6、用一定比例的食盐水泼洒鱼缸中，或者把患小瓜虫病的鱼放在食盐水中（1：100比例的食盐水），经过3-5天可以杀死小瓜虫。
二、小瓜虫是怎么产生的
1、鱼缸内的小瓜虫是从自来水中来的，在温度很低的时候，会快速的进行繁殖，从而对鱼产生危害。
2、小瓜虫病怎么预防：
（1）保持鱼缸内适当的水温，避免在越冬水温过低，越冬的鱼提早入温室，避免在水温低时捕捞和搬运。
（2）在低温季节避免做出可能对鱼体表黏膜造成伤害的行为。
（3）使用对黏膜没有伤害的药物，比如聚维酮碘、氟哌酸进行鱼体消毒。
（4）可以让鱼缸照到一些阳光，保持水中温度。
