主要区别是，性质不同、科目分类不同、形态特征不同、分布区域不同，具体如下：
一、性质不同
1、本虫
本虫指水蚤，是一种小型的甲壳动物。称鱼虫。
2、赤虫
赤虫指孑孓，蚊子的幼虫，是蚊子由卵成长至蛹的中间阶段。据史料记载《尔雅·释鱼》“蜎，环”晋郭璞注：“井中小蛣蟩赤虫，名孑孓。”
二、科目分类不同
1、本虫
属于节肢动物门、甲壳纲、枝角目。
2、赤虫
属于节肢动物门、昆虫纲、双翅目。
三、形态特征不同
1、本虫
体小，呈卵圆形，左右侧扁，长仅1～3毫米。体外具有2片壳瓣，背面相联处有脊棱。后端延伸而成长的尖刺（壳刺）。头部伸出壳外，吻明显，较尖。复眼大而明显，可不断转动。
2、赤虫
由蚊卵在水中孵化而成，身体细长，相对头部或腹部而言，胸部较为宽大，游泳时身体一屈一伸，呈深褐色，在水中上下垂直游动。
四、分布区域不同
1、本虫
分布区域：淡水水域，少数在海水中。
2、赤虫
分布区域：分布于臭水、沉积水、死水中。
