二者的主要区别如下：
第一、 阴沉木和硅化木的来源形成不一样：阴沉木是一些植物被埋入淤泥中，处在缺氧、高压状态下，受到细菌的作用，经历了长期的碳化过程而形成的而硅化木则是树木被迅速埋葬地下后，被地下水中的SiO2（二氧化硅）替换而成的树木化石。
第二、 阴沉木和硅化木的木质特点及外观不一样：阴沉木的木质坚硬，木纹细腻，颜色为黑色系，呈现出黑红色、黄褐色以及褐黑色等，而且不易腐蚀，不易生虫，不褪色而硅化木则保留了树木的木质结构和纹理，但拥有了石英的形状，硬度大，抗风力强，颜色为土黄色、淡黄色、红褐色、灰白色等。
阴沉木是树木经过地质作用被碳化，具体过程可以参考煤的形成，但是阴沉木没达到成煤那么严重的碳化。
硅化木是树木经过另一个地质作用改造，阴沉木形成树木自身组成没有变化，只是组成的物质形态改变了，但是硅化木的形成是树木的物质组成发生了改变，（地质上叫交代作用，指体系与外界发生组分交换），有机质组成的木头被克拉克值最高的硅给替换了，整个木头发生了变质，拥有了和石英差不多的性质——硬度大、抗风化能力强
鉴别两个区别可以从硬度下手
