拉克依斯马拉赫塞斯沙漠的位置处于赤道周边，属热带雨林气候，降水量大，每年的雨季，这片沙漠都会迎来大量雨水的滋润，同时，由于拉克依斯马拉赫塞斯沙漠的沙子颗粒十分微小，雨水难以通过沙粒缝隙渗入地底，于是，这些雨水顺着地势往低处流，逐渐在低洼区形成了大量的湖泊。
雨季即将结束时，也是雨量最为充沛的一段时间，拉克依斯马拉赫塞斯沙漠中由雨水形成的湖泊水量充足，部分湖泊汇入临近的海洋或者其他水域，给海洋生物的涌入提供了契机，同时这也是这片沙漠能够生机勃勃的重要原因。
随着雨季结束，旱季的来临让这片沙漠重新变得干燥，生活在这里的生物也回到海洋中，等待着下一个雨季的到来。年复一年，拉克依斯马拉赫塞斯沙漠的奇特才未停止。
