小智的巴大蝴去了南方，具体去向不明。到了巴大蝴的繁殖季节，火箭队乘直升机出现并用大网抓住了除了小智的巴大蝴以外的所有巴大蝴。小智的巴大蝴紧追着撤退的火箭队，小智一行人也乘热气球跟随巴大蝴来到一个峡谷中。小智和巴大蝴闯入其中，小智与火箭队交战，与此同时，巴大蝴靠着自己的力量使用了多次冲击撞开了关巴大蝴们的笼子，将所有巴大蝴释放。火箭队还想抓捕那些巴大蝴，却被小智的巴大蝴和皮卡丘阻止。之后，粉红色巴大蝴也接受了小智的巴大蝴并和其配成一对。最后，在小智的目送下，两只巴大蝴渐渐飞远了。
