DAPI，也称DAPI dihydrochloride，是一种可以穿透细胞膜的蓝色荧光染料，和双链DNA结合后可以产生比DAPI自身强20多倍的荧光。和EB(ethidium bromide)相比，对双链DNA的染色灵敏度要高很多倍。因为DAPI是含有特定AT序列DNA的一种嵌入剂，它能像Hoechst染料一样粘附在DNA双螺旋的小沟区。DAPI溶液用ddH2O配制而成，浓度为5 mg/ml。推荐工作浓度为0.5-10μg/ml。
