允许应用自启动不开可以吗

大部分可以。

如果是自己下载的第三方app都可以在后台设置禁止开机自启动，也可以开机后手动关闭后台启动的应用。如果是手机自带的应用则部分应用无法关闭自启动，如时钟、信息、通讯，这些应用无法手动关闭。第三方app后台关闭后，使用时会受到影响，如卡屏等。