第一，朱棣是亲生儿子。
朱元璋虽然这个草根皇帝，但他一直把亲情和家族关系看得很重，所以他在建立明朝以后会把各个儿子封为实权王爷，镇守边关以拱卫中央。按道理说，这个藩王镇守一方的模式在历史上造成叛乱的例子屡见不鲜，例如汉朝的七国之乱，西晋的七王之乱等等。但是朱元璋似乎都忽略了，是他不知道历史的教训吗不是！我想是他十分的看重家族和相信兄弟情义有关。
第二，朱元璋很喜欢朱棣这个儿子。
朱元璋对朱棣的期望很高，他觉得朱棣和自己有几分相像，他多次鼓励朱棣，要多向军中大将学习排兵布阵，将来成为徐达一样的大帅，多为朝廷做贡献。太子朱标死后，朱元璋对继承人还是有所犹豫的，朱棣还是在朱元璋的选择范围之内的，他拿不准选朱棣还是选太孙朱允炆。要不是朝中大臣们的影响，同时顾及到后世皇帝立太子的规矩，他也很有可能选择朱棣。
所以在这种心态的情况下，他不可能杀了朱棣，他甚至不会想到杀朱棣这个可能。
毕竟是自己血脉，让朱元璋不忍再杀自己其他的儿子了，而且后期他的身体状况非常不好，很多事情也是有心无力，江山不稳也需要燕王的能力保卫朝廷。
还有一点就是，朱棣当时是负责守护边界，他的实力自然不必说，年纪轻轻就打过很多胜仗，他的军事才能是很多人都知道的，有他在能保明朝不受侵犯
