香水菖蒲属性为多年水生草本植物，是香蒲科香蒲属的一个种，常生长在湖泊、河流、池塘一带地方。普通菖蒲属性为多年生草本植物，主要生长在沼泽地、溪流边以及水田边。
二、叶片不同
香水菖蒲的叶片细长，是半椭圆形，无中肋，色深绿，有棒槌，秋天可见。它的叶子可做工艺品，以前农村也常常用它来铺炕。普通菖蒲比香蒲矮，叶片扁而稍宽，叶质比较厚，有中肋，色浅绿，长穗。
三、根茎不同
香水菖蒲根茎乳白色，高为1.3-2米，地上茎生长比较粗壮，其生长下粗上细。普通菖蒲根茎肉质，直径为5-10毫米，长5-6厘米，外皮颜色为黄褐色，闻起来有点芳香。
四、花序不同
香水菖蒲的花为单性，成狭长的肉穗状，花序是灰褐色的，一般生长于植株中上部，雄花集生上方，雌花集生下方。普通菖蒲的肉穗花序呈黄绿色，为圆柱形，一般生长于植株的基部，直立或斜向上生长。
